生物医药产业添智能测序新场景

2020-09-23 09:22:24

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  GMP生产车间正在建设当中,实验室建成等待通过验收,新装修的办公区已经投入使用……9月18日,记者在入区不久的予果生物科技(北京)有限公司(以下简称“予果生物”)看到,经过前期的紧张筹备,面积逾4000平方米的公司运营总部及GMP车间离投入使用又近了一步,标志着科技部“十三五”国家重点研发项目中唯一的病原宏基因组测序企业将在经开区实现创新发展。

  病原宏基因组

  测序样本量居前列

  “新型冠状病毒就是由宏基因组测序(mNGS)技术发现的,mNGS技术常用于对未知病原的发现及确认,或者检测或研究样本中所有可能感染的微生物。”予果生物CEO夏涵介绍说,比如诊断不明原因感染、混合感染、继发感染等,以及不同部位感染,如中枢神经系统感染、呼吸系统感染、血流感染、胸腔及腹腔感染、疑难危重感染等。该技术的应用及推广对于提升生物安全水平、及时发现临床未知感染类型、减少抗生素使用、提升精准医疗具有重要意义。

  疫情期间,予果生物就通过mNGS技术为陕西省最危重新冠患者的诊疗提供了技术支持,通过测序技术实现对这位病历长达1600页、在ECMO运转49天的患者提供了精准的病原诊断和用药方案,为患者痊愈作出了实质性贡献。

  据了解,予果生物致力于在国家重点支持的生物技术和人工智能领域,以技术结合的方式有效转化, 通过宏基因组检测技术,对体液(脑脊液、胸腹水、血液、痰液等)进行检测,获取海量病原微生物数据,搭建起了病原微生物大数据平台PACEseq.PACEseq平台利用多重破壁、多重去宿主技术,并通过机器学习算法建立自研数据库,从而使病原诊断更简单。

  此外,予果生物拥有国内最大的单体脑脊液标本库,现存标本超过2万份;参与建立了全国神经感染及相关疾病协作网络登记系统;拥有近20台二代测序仪及计算机集群。予果生物参与了首批“十三五”精准医学重点专项——感染性脑膜脑炎病因分型专项研究。同时,予果生物还联合合作伙伴成立了泛基因组联合实验室,公司建有国内最大的病原基因组简并数据库。予果团队还在3代测序仪ONT平台上具有深厚积累。

  高水平的建设实现了高质量的发展。夏涵介绍说,予果生物目前运用宏基因组测序方法检测的样本量位居全球前列,其中脑脊液位列全球前二,样本总数居国内第二。目前,公司已为全国超300家三甲医院提供检测服务。

  而随着予果生物于经开区建设的GMP厂房和运营总部即将投入使用,公司在广州、上海、南京运营基因测序实验室,在西安建有中西部最大的微生物测序中心,予果生物在全国实验室及厂房总面积将达到8000平方米,生物安全等级达P2级别。

  挂牌首家智能测序场景

  开放实验室

  今年5月,予果生物与北京智源人工智能研究院在位于经开区的运营总部,共同挂牌了“北京国家新一代人工智能创新发展试验区——智能测序场景开放实验室”,这标志着下一代微生物基因组数据库标准的研究和创新算法开发将进入一个新的时代。

  予果生物作为国内首家授牌单位,展开与中国最顶级的人工智能研究机构——北京智源人工智能研究院合作,将公司自主研发的云端病原微生物数据分析系统PACE引擎升级至更加复杂和精密的人工智能方向,更大程度提升现有诊断水平。

  夏涵介绍说,双方联合开发共建的“智能测序场景开放试验区”的定位是探索人工智能技术在生物技术,特别是在测序数据分析的应用中的方法、技术,提出新的概念与模型,并构建相应的系统与场景。

  根据规划,“智能测序场景开放试验区”的目标是力争在人工智能与生物技术相结合的应用上取得国际领先的成果,培养和集聚人工智能与生物科技相关的创新人才,构建人工智能在生物技术中智能应用场景,为更多该领域项目与应用起到引领与示范作用。

  “智能测序场景试验区将为基因测序提供更强力的人工智能技术支持。预期产出更先进的算法引擎,以及相应的智能测序模型,进而整合为完整测序平台以求人工智能技术更好地应用在智能测序场景中。”夏涵说,通过智能测序场景试验区的建设,为更多人工智能+医疗应用场景提供示范样板。

(文章来源:北京商报)

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